Egy rejtélyes támadó körül bontakozik ki a történet: egy baseballütős fiatal sorra üt el embereket Tokió-szerte, az áldozatok pedig alig tudnak valamiről beszámolni, csak egy árnyat látnak görkorcsolyával elsuhanni. Maga a történet csupán keretként szolgál a japán nagyvárosok frusztrált és megviselt lelkivilágú figuráinak bemutatásához. Itt semmi sem az, aminek látszik, de ezeknek a tényeknek semmi jelentőségük a kibontakozó nyomozás szempontjából: mindenki a saját démonaival küzd és megpróbálja a maga hasznára fordítani az eseményeket.
A Paranoia Agent nagy erénye, hogy nem esik túlzásokba, nem veszi annyira komolyan magát, hogy elhiggyük: egy velejéig romlott helyen vagyunk, amelyen nem csak nem lehet, de nem is érdemes segíteni. A megismert karakterek már-már bántóan valóságosak, egy igazi városi környezet termékei, nem egy negatív érték megtestesítői.
Még valami: nem ajánlom mindenkinek. Elsősorban annak fog tetszeni, akik felszínesnek találták a Mátrix álomvilág-illuzióját. Hiszen az igazi illuzió bennünk van, nem kényszeríti ránk egy külső erő. Magunknak hazudunk - sugallja Satoshi Kon. Ebben pedig nagyon is van megszívlelendő.